Diferencia entre explosión y FASTA

El diferencia clave Entre Blast y Fasta es que The Blast es una herramienta de alineación básica disponible en el sitio web del Centro Nacional de Información de Biotecnología, mientras que FASTA es una herramienta de búsqueda de similitud disponible en el sitio web del Instituto Europeo de Bioinformática.

BLAST y FASTA son dos software que está ampliamente en uso para comparar secuencias biológicas de ADN, aminoácidos, proteínas y nucleótidos de diferentes especies y buscar sus similitudes. Estos algoritmos fueron escritos teniendo en cuenta la velocidad. Porque, cuando los científicos pudieron aislar el ADN en el laboratorio a mediados de la década de 1980, planteó la necesidad de comparar y encontrar genes idénticos para una mayor investigación a alta velocidad. Por lo tanto, estos dos softwares se desarrollaron de una manera que el usuario puede hacer una búsqueda rápida de secuencias similares con las de sus secuencias de consulta.

Blast es un acrónimo de Herramienta básica de búsqueda de alineación local y utiliza el enfoque localizado para comparar las dos secuencias. FASTA es un software que se refiere a Fast A donde es una para todos. Aquí, el software funciona con alfabetos como Fast A para la secuenciación de ADN y P FAIL PARA PROTEIN. Tanto BLAST como FASTA son muy rápidos para comparar cualquier base de datos del genoma y, por lo tanto, son muy viables monetarios y en el ahorro de tiempo.

CONTENIDO

1. Descripción general y diferencia de claves
2. Que es la explosión
3. Que es FASTA
4. Similitudes entre Blast y FASTA
5. Comparación de lado a lado - BLAST VS FASTA en forma tabular
6. Resumen

Que es la explosión?

Blast es uno de los software bioinformático más ampliamente utilizado que se desarrolló en 1990.  Desde entonces, está disponible para todos en el sitio NCBI. Además, cualquier persona puede acceder a este software y usarlo. Además, BLAST es un software que necesita datos de entrada o secuencias en formato FASTA. Pero, proporciona datos de salida en texto plano, html o formato XML. BLAST trabaja en un principio de búsqueda de similitudes localizadas entre dos secuencias y la lista corta de las secuencias similares, y después de eso, busca similitudes del vecindario.

Figura 01: Resultados de la explosión

Por lo tanto, este software busca un gran número de regiones locales similares y da el resultado de alcanzar un valor umbral. Sin embargo, este proceso difiere del software anterior, que busca primero toda la secuencia y luego hace la comparación y, por lo tanto, tomó mucho tiempo.

Además de la verificación de similitud anterior, BLAST tiene muchos otros usos, como el mapeo de ADN, comparando dos genes idénticos en diferentes especies, creando un árbol filogenético, etc.

Que es FASTA?

FASTA es un software de alineación de secuencias de proteínas. David J. Lipman y William R. Pearson describió este software en 1985. Aunque el uso inicial de este software era comparar solo las secuencias de proteínas, la versión modificada de él también pudo comparar secuencias de ADN. Aquí, este software utiliza el principio de encontrar la similitud entre dos secuencias estadísticamente. Coincide con una secuencia del ADN o proteína con otra secuencia por método de alineación de secuencia local.

Figura 02: FASTA

Sin embargo, busca regiones locales para la similitud, pero no la mejor coincidencia entre dos secuencias. Dado que este software compara similitudes localizadas a veces, también puede crear desajustes. En una secuencia, FASTA toma una pequeña parte conocida como K-tuples, donde las tuplas pueden ser de 1 a 6 y coincidir con las K-TUPLE de la otra secuencia. Al final del proceso de correspondencia, cuando alcanza un valor umbral, produce el resultado.

¿Cuáles son las similitudes entre BLAST y FASTA??

• BLAST y FASTA son herramientas bioinformáticas utilizadas para comparar secuencias de proteínas y ADN para similitudes.
• Además, ambos programas utilizan una estrategia de puntuación para hacer comparaciones entre las secuencias.
• Además, ambas herramientas producen resultados muy precisos.

¿Cuál es la diferencia entre BLAST y FASTA??

Blast es una herramienta para verificar la similitud entre las secuencias biológicas. Por otro lado, FASTA es otro programa que facilita la verificación de similitud de las secuencias de proteínas y ADN. Sin embargo, en comparación con FASTA, el software Blast es muy popular ya que produce resultados más precisos y rápidos. Por lo tanto, esta es la diferencia entre BLAST y FASTA. Además, a diferencia de FASTA, el programa BLAST es modificable según la necesidad del usuario. Por lo tanto, esta es otra diferencia entre BLAST y FASTA.

La siguiente infografía sobre la diferencia entre BLAST y FASTA proporciona más detalles.

Resumen -Blast vs FASTA

BLAST y FASTA son dos programas que permiten al usuario comparar su secuencia de consulta con las secuencias en las bases de datos existentes y verificar las similitudes. El propósito inicial de FASTA era comparar solo secuencias de proteínas. Pero, la versión modificada de este software facilita las comparaciones de secuencias de proteínas como de ADN. Aunque FASTA es un buen software, la mayoría de las personas usan la herramienta de alineación de explosiones, ya que es más popular y produce resultados más precisos y rápidos que FASTA. Además, la herramienta de explosión es modificable de acuerdo con los requisitos del usuario. En resumen, esto resume la diferencia entre BLAST y FASTA.

Referencia:

1.Madden, Thomas. "La herramienta de análisis de secuencia de explosión."Informes actuales de neurología y neurociencia., U.S. Biblioteca Nacional de Medicina, 15 Mar. 2013. Disponible aquí 

Imagen de cortesía:

1."Resultados de la explosión CCDC132" por NCBI Blast - NCBI Blast, (Dominio público) a través de Commons Wikimedia  
2."FAM149A Región promotora (formato FASTA)" por Larsongcd - Trabajo propio, (CC BY -SA 3.0) a través de Commons Wikimedia