Diferencia entre contig y andamio

El diferencia clave entre contig y andamio es que Un contig no tiene huecos, mientras que un andamio consiste en contigs y huecos.

La secuenciación del genoma de organismos multicelulares es muy difícil en comparación con la secuenciación de organismos unicelulares. La secuenciación de escopeta de genoma completo es una técnica de secuenciación del genoma fácil y rápida para genomas multicelulares. Es un método que secuencia muchos fragmentos de ADN superpuestos en paralelo. En este método, los fragmentos pequeños se ensamblan en fragmentos más grandes y luego en contigs más grandes utilizando una computadora. Entonces los contigs se ensamblan en andamios y finalmente en un cromosoma. Por lo tanto, Contig es un estiramiento continuo de secuencias de nucleótidos, mientras que el andamio es una porción del genoma que consiste en contigs y brechas. Tanto contig como andamio son secuencias genómicas reconstruidas.

CONTENIDO

1. Descripción general y diferencia de claves
2. Que es contig 
3. ¿Qué es el andamio?
4. Similitudes entre contig y andamio
5. Comparación de lado a lado - Contig vs andamio en forma tabular
6. Resumen

Que es contig?

Contig es una secuencia genómica. Es un estiramiento continuo de secuencias compuestas de bases A, C, G y T. Se forma reuniendo varios pequeños bits de ADN superpuestos en una secuencia más larga. En palabras simples, contig es un conjunto de un conjunto de fragmentos de secuencia. La creación contig implica la identificación de fragmentos de secuencia superpuestos basados ​​en métodos locales de coincidencia de cadenas y alineación que identifican los extremos superpuestos de las secuencias.

Los contigs no tienen huecos. Es parte de un andamio. Los contigs están encadenados al crear un andamio. Requiere información adicional sobre la posición relativa y la orientación de los contigs en el genoma. Los huecos separan contigs en un andamio. Básicamente, el ensamblaje contig es un paso importante en la secuenciación de escopeta de genoma completo. Los contigs se ensamblan finalmente en una secuencia genómica completa. El ensamblaje contig generalmente requiere la comprensión de los algoritmos en la coincidencia de cadenas y la alineación de secuencias.

¿Qué es un andamio??

Un andamio es una secuencia genómica reconstruida de clones de escopeta de genoma completo secuenciado por fin. Estructuralmente, un andamio consiste en contigs y huecos. Por lo tanto, los andamios se crean encadenando contigs y separándolos por huecos. La creación del andamio necesita información sobre la posición relativa y la orientación de los contigs en el genoma. El ensamblaje de escopeta de genoma completo tiene como objetivo representar cada secuencia genómica en un andamio. Pero, no es muy posible. Por lo tanto, un cromosoma puede estar representado por varios andamios. A veces los andamios pueden superponerse. Además, algunos andamios se pueden filtrar durante el ensamblaje.

Figura 02: Descripción general de la asamblea de escopeta de genoma completo

La longitud de una brecha de andamio no muestra su verdadera longitud. En general, los huecos se establecen arbitrariamente en ciertas longitudes fijas. Por lo tanto, estas brechas e incertidumbres en su longitud crean problemas para comprender las verdaderas relaciones espaciales de los elementos funcionales en los genomas y el alcance real de la información faltante. A veces, las brechas representan información genómica faltante.

¿Cuáles son las similitudes entre contig y andamio??

• Contig y andamio son secuencias genómicas compuestas de secuencias de nucleótidos.
• Los andamios están compuestos de contigs y huecos.

¿Cuál es la diferencia entre contig y andamio??

Un contig es una secuencia continua ensamblada a partir de un conjunto de fragmentos de secuencia. Por el contrario, un andamio es una porción de secuencia genómica reconstruida al encadenar contigs juntos. Entonces, esta es la diferencia clave entre contig y andamio. Además, los contigs no tienen huecos, mientras que los contigs en un andamio están separados por huecos.

A continuación, la infografía tabula más diferencias entre contig y andamio.

Resumen -Contig vs andamio

Tanto contig como andamio son secuencias de nucleótidos reconstruidas en proyectos de secuenciación de genoma completo. Contig es un estiramiento continuo de secuencia genómica que contiene bases A, C, G y T sin huecos. El andamio es una secuencia genómica consiste en contigs y huecos. Por lo tanto, los componentes de ensamblaje más cortos son contigs, mientras que los andamios son conjuntos de contigs. Finalmente, los andamios se ensamblan en cromosomas en la secuenciación de genoma completo. Por lo tanto, esto resume la diferencia entre contig y andamio.

Referencia:

1. Adams, Jill u. "Genomas complejos: secuenciación de escopeta."Scitable, Nature Education, 2008, disponible aquí.

Imagen de cortesía:

1. "Andamio contig para mascotas" por los regentes de la Universidad de California - (dominio público) a través de Commons Wikimedia
2. "Descripción general de la asamblea de WGS Denovo" de Bernardojclavijo - Trabajo propio (CC BY -SA 3.0) a través de Commons Wikimedia