Diferencia entre el exoma y la secuenciación de ARN

Diferencia de clave: secuenciación de ARN de Exome vs
 

La secuenciación del ácido nucleico es la técnica que determina el orden de los nucleótidos en un fragmento particular de ADN o ARN de un organismo. La secuencia es importante para identificar la composición de ADN y ARN de la célula y distinguir ciertos genes que codifican proteínas funcionales; Por lo tanto, la secuenciación se puede utilizar para comprender las mutaciones de estos genes y las expresiones génicas. El método de secuenciación de Sanger o los métodos de secuenciación de próxima generación más avanzados son los métodos de secuenciación que se utilizan comúnmente. La secuenciación del exoma es la secuenciación del conjunto completo de exones o regiones de ADN codificantes presentes en un organismo, mientras que la secuenciación de ARN es el procedimiento de secuenciación de ácidos ribonucleicos (ARN). Esta es la diferencia clave entre el exoma y la secuenciación de ARN.

CONTENIDO

1. Descripción general y diferencia de claves
2. ¿Qué es la secuenciación del exoma?
3. ¿Qué es la secuenciación de ARN?
4. Similitudes entre el exoma y la secuenciación de ARN
5. Comparación lado a lado: secuenciación de ARN de Exoma vs en forma tabular
6. Resumen

¿Qué es la secuenciación del exoma??

El exoma es un subconjunto del genoma que consiste en los genes codificantes de un organismo en particular. Los genes de codificación se nombran como exones y se transcriben al ARNm y luego se traducen en secuencias de aminoácidos. Durante las modificaciones posteriores a la transcripción, el mecanismo de empalme de ARN en eucariotas elimina los intrones (regiones no codificantes), y los exones permanecen. Hay dos técnicas principales en las que se realiza la secuenciación del exoma: basada en soluciones y basadas en la matriz.

En la secuenciación del exoma basada en la solución, las muestras de ADN se fragmentan utilizando enzimas de restricción o método mecánico y desnaturalizadas por calor. En esta técnica, las sondas de oligonucleótidos biotiniladas (cebos) se utilizan para hibridarse selectivamente con regiones objetivo en el genoma. Se usan perlas de estreptavidina magnética para el paso de unión. La unión es seguida por un paso de lavado donde se eliminan las secuencias no unidas y no dirigidas. Los objetivos límite se amplifican luego usando la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y luego se secuencian utilizando la secuenciación de Sanger o las técnicas de secuenciación de la próxima generación.

Figura 01: secuenciación del exoma

El método basado en la matriz también es similar al método basado en la solución, excepto que los fragmentos de ADN se capturan en una matriz de micro, y luego la unión y los pasos de lavado siguen antes de ser secuenciados.

La secuenciación del exoma se usa en muchas aplicaciones, como el diagnóstico genético de enfermedades, en la terapia génica, en la identificación de nuevos marcadores genéticos, en la agricultura para identificar diversos rasgos agronómicos beneficiosos y en procedimientos de reproducción de plantas.

¿Qué es la secuenciación de ARN??

La secuenciación de ARN se basa en el transcriptoma, que son las transcripciones completas de la celda. Los objetivos clave de la secuenciación de ARN son catalogar todas las especies de la transcripción, incluido el ARNm, el ARN no codificante y el ARN pequeño, para determinar la estructura transcripcional de los genes y cuantificar los niveles de expresión de cada transcripción durante el desarrollo durante el desarrollo. Durante la secuenciación de ARN, las tecnologías de hibridación (que fueron ADN complementaria derivadas de secuencias de ARNm maduras) se usaron inicialmente para la secuenciación. En la actualidad, se utiliza una técnica más precisa y avanzada a través de PUT para la secuenciación de ARN.

Figura 02: secuenciación de ARN

En la secuenciación de ARN, una muestra de ARN que puede ser ARN total o ARN fraccionado se convierte a su ADN complementario (ADNc) usando una transcripción inversa, y se prepara una biblioteca de ADNc. Cada fragmento de ADNc se une a los adaptadores en ambos lados (secuenciación del extremo del par) o en un lado (secuenciación de un solo extremo). Estas secuencias etiquetadas se secuencian usando la secuenciación de Sanger o la próxima generación, como la secuenciación de Exome.

¿Cuáles son las similitudes entre el exoma y la secuenciación de ARN??

• Los fragmentos seleccionados cortos o el conjunto completo de ADN / ARN se pueden usar para la secuenciación de exoma o ARN.
• Los fragmentos secuenciados se conservan en bibliotecas.
• La secuenciación de Sanger o la secuenciación de la próxima generación se pueden usar.
• Ambos son métodos de secuenciación in vitro.
• Los fragmentos secuenciados se pueden determinar mediante etiquetas fluorescentes.

¿Cuál es la diferencia entre el exoma y la secuenciación de ARN??

Resumen -secuenciación de ARN de Exome vs

El exoma es el conjunto completo de regiones de codificación de un organismo y las técnicas involucradas en la determinación del orden exacto de nucleótidos del exoma se conoce como secuenciación del exoma. La secuenciación de ARN es la técnica involucrada en la determinación del orden de nucleótidos del ARN de un organismo. Esta es la diferencia entre el exoma y la secuenciación de ARN.

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Referencias:

1.Wang, Zhong, et al. "RNA-seq: una herramienta revolucionaria para transcriptómica."Reseñas de la naturaleza. Genética, u.S. Biblioteca Nacional de Medicina, Jan. 2009, disponible aquí. Consultado el 3 de septiembre. 2017.
2.Warr, Amanda, et al. "Secuenciación del exoma: perspectivas actuales y futuras."G3: Genes | Genomas | Genética, Genetics Society of America, Aug. 2015, disponible aquí. Consultado el 3 de septiembre. 2017.

Imagen de cortesía:

1. "Flujo de trabajo de secuenciación de Exome 1a" de Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Espías, Benjamin J. Ainscough, obi l. Griffith - (CC por 2.5) Vía Commons Wikimedia
2. "Diario.PCBI.1004393.G002 "por Sarahkusala - Trabajo propio (CC por 3.0) a través de Commons Wikimedia