Diferencia entre la secuenciación de escopeta del genoma jerárquico y completo

El diferencia clave Entre la secuenciación de escopeta del genoma jerárquico y completo es que En la secuenciación de escopeta jerárquica, el genoma se divide en fragmentos más grandes antes de la secuenciación, mientras que, en la secuenciación de escopeta de genoma completo, todo el genoma se divide en pequeños fragmentos para la secuencia.

La secuenciación es una técnica importante en los procesos moleculares, especialmente en la identificación precisa de las especies. De hecho, es la técnica de identificar el orden preciso de los nucleótidos en un gen o un genoma. Hay muchas técnicas para la secuencia. Algunos de estos incluyen el método Maxam Gilbert, el método Sanger y el método automatizado de Sanger.

CONTENIDO

1. Descripción general y diferencia de claves
2. ¿Qué es la secuenciación de escopeta jerárquica?
3. ¿Qué es la secuenciación de escopeta de genoma completo?
4. Similitudes entre la secuenciación de escopeta del genoma jerárquico y completo
5. Comparación de lado a lado: secuenciación de escopeta de genoma jerárquica vs entera en forma tabular
6. Resumen

¿Qué es la secuenciación de escopeta jerárquica??

La secuenciación de escopeta jerárquica es un método de secuenciación. También se llama 'secuenciación de arriba hacia abajo'. Además, este método consta de dos pasos: el primer paso es la amplificación del genoma, y ​​el segundo paso es la fragmentación del genoma. En este método, el genoma se corta primero en grandes fragmentos. Es seguido por la clonación de estos grandes fragmentos en varios huéspedes utilizando vectores o cromosomas artificiales. Luego, estos vectores recombinantes se organizan en una biblioteca. Durante la secuenciación de la escopeta, los clones vectoriales recombinantes sufren secuenciación individualmente. Los fragmentos en los clones experimentan una digestión de restricción para reducir aún más el tamaño del genoma, experimentando así secuenciación.

Figura 01: secuenciación de escopeta jerárquica

Durante la secuenciación de escopeta jerárquica, los grandes trozos de fragmentos deben organizarse en orden, antes de la secuenciación de la escopeta. Se lleva a cabo con la ayuda de los marcadores moleculares que se incorporan durante el proceso de clonación.

La secuenciación de escopeta jerárquica crea un mapa de genes de baja resolución. Pero crea un mapa de secuencia ordenado. Por lo tanto, se necesita una duración más larga que la secuenciación directa. Todo el proceso retrasa debido a la creación de una biblioteca de vectores recombinantes. ¿Es también una técnica intensiva de trabajo?. Sin embargo, en la actualidad, la técnica está automatizada para aliviar el trabajo.

¿Qué es la secuenciación de escopeta de genoma completo??

La secuenciación de escopeta completa del genoma es un proceso de secuenciación de un solo paso. En este proceso, todo el cizallamiento del genoma se lleva a cabo primero. Después de esto, cada uno de estos pequeños fragmentos se secuencia al azar. Al finalizar la secuenciación, el análisis de secuencias tiene lugar. Durante el análisis de secuencia, se eliminan las secuencias superpuestas, y el análisis no es un proceso ordenado. Por lo tanto, el ensamblaje de secuencias es un proceso menos eficiente en comparación con la secuenciación de escopeta jerárquica. Sin embargo, el proceso de secuenciación de escopeta de genoma completo es más rápido, y el análisis de todo el genoma puede tener lugar en una sola instancia.

¿Cuáles son las similitudes entre la secuenciación de escopeta del genoma jerárquico y completo??

• La secuenciación de escopeta del genoma jerárquico y completo son dos enfoques de secuenciación.
• Ambos se someten a la secuenciación de Sanger o métodos automatizados de secuenciación de Sanger.
• Están involucrados en la secuenciación de fragmentos de ADN y ARN.
• Además, ambos métodos son importantes en el diagnóstico molecular y los propósitos de investigación.
• En la actualidad, ambas técnicas están automatizadas o basadas en computadora.
• Ambas técnicas dependen de la fragmentación del genoma.

¿Cuál es la diferencia entre la secuenciación de escopeta del genoma jerárquico y completo??

La secuenciación de escopeta jerárquica genera fragmentos de mayor tamaño en comparación con la secuenciación de escopeta de genoma completo, que funciona con pequeños fragmentos de secuencias. Entonces, esta es la diferencia clave entre la secuenciación de escopeta del genoma jerárquico y completo. Además, la secuenciación de escopeta jerárquica consta de dos pasos principales, mientras que la secuenciación de escopeta de genoma completo se basa en un paso principal.

Además, otra diferencia entre la secuenciación de escopeta del genoma jerárquico y completo es que la resolución es mayor en la secuenciación de escopeta de genoma completo en comparación con la secuenciación de escopeta jerárquica.

La siguiente infografía resume la diferencia entre la secuenciación de escopeta del genoma jerárquico y completo.

Resumen: secuenciación de escopeta de genoma jerárquico vs entero

La secuenciación de escopeta jerárquica y de genoma completo son dos técnicas para secuenciar grandes genomas. La secuencia de escopeta jerárquica es un proceso de secuenciación de dos pasos donde el genoma se divide en fragmentos más grandes. Por el contrario, la secuenciación de escopeta de genoma completo es una secuenciación de un solo paso donde el genoma se divide en pequeños fragmentos y se secuencia directamente. Por lo tanto, esta es la diferencia clave entre la secuenciación de escopeta del genoma jerárquico y completo. Además, los aspectos técnicos pueden variar entre las dos técnicas.

Referencia:

1. Waterston, Robert H, et al. "En la secuenciación del genoma humano.Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América, la Academia Nacional de Ciencias, 19 Mar. 2002, disponible aquí.
2. Palo, chitativo. "Secuenciación del genoma."LinkedIn Slideshare, 4 de noviembre. 2014, disponible aquí.

Imagen de cortesía:

1. "Secuenciación de escopeta de genoma completo versus secuenciación de escopeta jerárquica" de Commins, J., Toft, c., Tarifas, m. A. - “Métodos de biología computacional y su aplicación a la genómica comparativa de las bacterias simbióticas endocelulares de los insectos."Biol. Procedimientos en línea (2009). Accedido a través de SpringerImages (CC BY-SA 2.5) Vía Commons Wikimedia