Diferencia entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación

Diferencia de claves - PCR Primers vs Secuenciación Cebadores
 

Con los desarrollos recientes en el campo de la biología molecular, se desarrollaron diferentes técnicas genéticas que hicieron que los procesos de investigación de diferentes vías del tema. PCR y otros procedimientos de secuenciación son dos técnicas importantes de este tipo. Usan diferentes subcomponentes. Los cebadores se consideran como el subcomponente principal común tanto para las técnicas de PCR como de secuenciación. Los cebadores de PCR se utilizan para la amplificación de una secuencia de ADN particular mientrasLos cebadores equitativos se usan en el contexto de secuenciación de un fragmento de ADN con la intención de revelar su orden específico de la secuencia de nucleótidos. Este es el diferencia clave entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación.

CONTENIDO

1. Descripción general y diferencia de claves
2. ¿Qué son los cebadores de PCR?
3. ¿Qué son los cebadores de secuenciación?
4. Similitudes entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación
5. Comparación de lado a lado: cebadores de PCR vs cebadores de secuenciación en forma tabular
6. Resumen

¿Qué son los cebadores de PCR??

La reacción en cadena de la polimerasa (PCR) es una técnica genética que se utiliza en el campo de la biología molecular para amplificar una sola o pocas copias de un segmento de ADN particular y obtener muchos millones de copias idénticas. En una reacción de PCR, se utilizan diferentes componentes, incluidos los cebadores. Los cebadores son hebras cortas de ADN con una longitud de nucleótidos de 18-25, lo que los hace compatibles con el inicio y la región final de los fragmentos de ADN a amplificar. Los cebadores pueden ser un imprimador hacia adelante y un imprimador inverso. Estos cebadores se unen al fragmento de ADN en los puntos específicos donde hace que la ADN polimerasa se una al cebador específico en la ubicación e inicie la síntesis de la nueva cadena de ADN.

La selección de cebadores es un aspecto importante del proceso de PCR. La selección de la longitud de la imprimación es importante. La longitud ideal sería 18-25 nucleótidos. Si la longitud es demasiado corta o demasiado larga, los cebadores no se unirán a la secuencia de ADN para amplificar con precisión. Los cebadores que son de longitud demasiado cortos conducen a recocido de cebadores no específicos en diferentes ubicaciones de la secuencia de ADN.

Figura 01: Primeros PCR

El contenido de guanina y citosina (GC) en una buena imprimación debe estar en el rango de 40-60. La temperatura de recocido y la temperatura de fusión son factores vitales durante la PCR. La temperatura de fusión debe calcularse con precisión, y la temperatura de recocido del cebador debe ser 5 ⁰C menos que la temperatura de fusión. La temperatura de fusión debe ser de 60 ° C y 75 ° C. Las temperaturas demasiado altas o demasiado bajas darán como resultado una actividad de ADN polimerasa menos activa.

¿Qué son los cebadores de secuenciación??

Los cebadores de secuenciación se utilizan en el contexto de secuenciación de un fragmento de ADN con la intención de revelar su identidad específica. Para obtener buenos resultados de secuenciación, son importantes los cebadores y plantillas de alta calidad. Por lo tanto, cuando se seleccionan los cebadores, deben ser únicos para una región en particular donde deseamos secuenciar. También debe estar con una orientación correcta donde las secuencias generalmente se generan de 3 'a 5' de los cebadores. La secuencia debe carecer de autohibridación indeseable, como la formación de bucles de horquilla. No debe contener formación consecutiva de bases de guanina.

La temperatura de fusión (TM) del cebador debe ser adecuada para las condiciones de la secuencia. Por lo tanto, debe estar entre 52^OC y 74^OC. La preparación de oligonucleótidos para usar como cebador debe purificarse para obtener la longitud completa de la secuencia deseada. Si los oligonucleótidos contienen impurezas, la señalización de la secuencia del cebador se superpondrá de diferentes sitios de cebado, y también disminuirá el número de celdas base.

Figura 02: Primeros de secuenciación

La temperatura de fusión del cebador (TM) de un oligonucleótido determina la forma en que se hibridan las hilos de ADN complementarios entre sí. TM puede considerarse como un cálculo termodinámico donde depende de ambas secuencias de ADN y varias condiciones, como la concentración de sal, como la concentración de sal. El TM es importante durante la PCR donde una variante llamada secuenciación del ciclo se usa para producir un grupo de fragmentos terminados en dedoxinucleótidos. Aquí, el cebador que se secuencia se recocirá inicialmente alternativamente, luego se extenderá y se desnaturalizará por último para su amplificación. Por lo tanto, el valor de TM debe estar entre 52^OC y 74^O C. Los oligonucleótidos sintetizados se pueden obtener de laboratorios de síntesis de ADN/ARN según la elección. La pequeña escala de síntesis que se usa para la secuenciación de ADN suele ser de 50 nmol. Además, lo más importante es que los cebadores utilizados para la secuencia deben purificarse para estar libres de impurezas que evitarán la reducción de la calidad.

¿Cuáles son las similitudes entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación??

• Tanto los cebadores de PCR como los cebadores de secuencia son cebadores que se utilizan en el proceso de amplificación de una secuencia de ADN dirigida.
• Tanto los cebadores de PCR como los cebadores de secuenciación están compuestos de nucleótidos.
• Tanto los cebadores de PCR como los cebadores de secuenciación son oligómeros cortos.

¿Cuál es la diferencia entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuenciación??

Resumen - Primeros PCR vs Secuenciación Cebadores

Los cebadores de secuenciación se utilizan en el contexto de secuenciación de un fragmento de ADN con la intención de revelar su identidad específica. Un imprimador de secuenciación será suficiente para ejecutar el proceso. Para obtener buenos resultados de secuenciación, los cebadores y plantillas de alta calidad son importantes. Por lo tanto, cuando se seleccionan los cebadores, deben ser únicos para una región en particular donde deseamos secuenciar. Los cebadores de PCR son hilos cortos de ADN con una longitud de nucleótidos de 18-25 que es compatible con la región de inicio y final de los fragmentos de ADN que se amplificarán. Los cebadores de PCR pueden ser una imprimación hacia adelante y una imprimación inversa. El contenido de guanina y citosina (GC) en una buena imprimación debe estar en el rango de 40-60. La temperatura de recocido y la temperatura de fusión son aspectos vitales durante la PCR. Esta es la diferencia entre los cebadores de PCR y los cebadores de secuencia.

Referencia:

1."Reacción en cadena de la polimerasa (PCR)." Academia Khan. Disponible aquí
2."Sequencing cebadores y diseño de imprimadores."Corres de secuencia y diseño de imprimadores | University Core DNA Services | Universidad de Calgary. Disponible aquí    

Imagen de cortesía:

1.'Primers RevComp'by Zephyris - Trabajo propio, (CC By -SA 3.0) a través de Commons Wikimedia 
2.'Métodos de etiquetado de secuenciación de ADN 3 por abizar (cargador original) en English Wikipedia - transferido por Gustavocarra., (Dominio público) a través de Commons Wikimedia