Protochordata y Euchordatae dos grupos principales de Filo cordata; Por lo tanto, antes de aprender la diferencia entre Protochordata y Euchordata, primero discutamos brevemente Chordata. Los cordados son el grupo más anticipado y probablemente el grupo de organismos más conocidos en todo el reino animal, incluidos los humanos. Son eucoelomatos bilaterales, deuterostomiales. Los rasgos característicos más fundamentales de los acordes incluyen la presencia de cuerdas nerviosas huecas dorsales, notocordo y hendiduras de branquias faríngea. Estas características están presentes en todos los cordados en cualquier etapa de su vida. Las otras características avanzadas que ayudan a que los acordes dominaran sobre otros Phyla son la presencia de endosqueleto vivo, respiración eficiente, circulación eficiente y sistema nervioso centralizado. Hay tres sub-filo principales que se encuentran en el phylum chordata, a saber; Urochordata, cephalochordata y vértebrata. De estos tres, los dos primeros subfila se llaman colectivamente ProtoChordata, que incluye acordes inferiores/ primitivos. Los vertebrados se clasifican como eucordatos que incluyen cordados más altos.
Los protoquídatos consisten en los organismos que se clasifican en Subphyla urochordata y cefalochordata. Los protoquídados son también llamado Acraniata, debido a la Falta de cabeza y cráneo. Estos organismos son extremadamente marinos y tienen cuerpos de tamaño pequeño.
Los eucordatos son cordados más altos que incluyen los animales del Subphyla vértebrata. A diferencia de los protoquídados, los eucordatos tienen una cabeza y cráneo prominentes, por lo tanto Llamado Craniata. Subphyla vértebrata se divide en dos grupos; (a) Agnatha, que incluye a los animales que carecen de verdaderas mandíbulas y apéndices emparejados y (b) Gnathostomas, que incluye los vertebrados con verdaderas mandíbulas y apéndices emparejados.
• Los protoquordados también se llaman Acraniata debido a la falta de cabeza y cráneo. Los eucordatos se llaman Craniata debido a la presencia de cabeza y cráneo.
• Los protoquordados son exclusivamente marinos con cuerpos pequeños, mientras que los eucordatos se encuentran en hábitats acuáticos y terrestres y tienen cuerpos de gran tamaño.
• Los eucordatos tienen cabeza y exoesqueleto bien desarrollados con 2 pares de apéndices. Sin embargo, los protoquídados carecen de apéndices y exoesqueleto.
• Los protoquordados tienen celomería enterocoélica, mientras que los eucordatos tienen celomio esquizocoélico.
• Los protoquordados carecen de columna vertebral, a diferencia de los eucordatos.
• A diferencia de los protoquídados, Notocord está cubierto o reemplazado por una columna vertebral en Euchordatos.
• Los protoquordados tienen faringe con hendiduras branquias permanentes. Las hendiduras de los eucordatos faríngea persisten o desaparecen.
• Los protoquordados tienen cámaras menos corazones, pero los eucordatos tienen corazones con cámaras (2 a 4 cámaras).
• En los protoquídados, los riñones contienen protonefridios, mientras que, en eucordatos, los riñones contienen meso o metanefridios.
• La reproducción de protoquídados es sexual o asexual, mientras que la de los eucordatos es siempre sexual.
• Los gonoductos generalmente están ausentes en los protoquordados, mientras que siempre están presentes en los eucordatos.
• En los eucordatos, el desarrollo es indirecto o directo, con o sin una etapa larval, mientras que, en protoquídados, el desarrollo es indirecto con una etapa larval de natación libre.
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