Diferencia entre UPGMA y vecino que se une al árbol

El diferencia clave Entre UPGMA y el árbol de unión vecino se encuentra el tipo del árbol filogenético resultante de cada método. UPGMA es la técnica de construir un árbol filogenético enraizado, mientras que el árbol de unión vecino es la técnica de construir un árbol filogenético sin rooted.

Los árboles filogenéticos son diagramas de árboles que muestran relaciones evolutivas entre organismos. Un árbol filogenético puede tener diferentes topologías dependiendo de la técnica utilizada para la construcción de árboles. UPGMA y el árbol de unión vecino son dos métodos principales que construyen árboles filogenéticos.

CONTENIDO

1. Descripción general y diferencia de claves
2. Que es Upgma 
3. ¿Qué es vecino uniéndose al árbol?
4. Similitudes entre UPGMA y vecino que se une al árbol
5. Comparación de lado a lado - Upgma vs vecino de unión de unión en forma tabular
6. Resumen

Que es Upgma?

En bioinformática, existen diferentes técnicas de agrupación. Upgma significa Método de grupo de pares no ponderados y media aritmética. Es un método de agrupación jerárquica. El método fue introducido por Sokal y Michener. Es la técnica más rápida que desarrolla un árbol filogenético. El árbol filogenético resultante es un árbol filogenético enraizado con un antepasado común.

Al dibujar un árbol filogenético utilizando el método UPGMA, considera las tasas evolutivas como las mismas para todos los linajes. Por lo tanto, esta es una suposición importante hecha en la técnica UPGMA. Sin embargo, este es también el principal inconveniente de la técnica, ya que la tasa de mutación no se considera durante la construcción del árbol. En cambio, asume la tasa de mutación como una constante. Además, esta hipótesis se denomina "hipótesis del reloj molecular". Por lo tanto, en el contexto real, el árbol filogenético construido a partir de un método UPGMA puede no ser preciso y confiable.

Figura 01: un árbol filogenético extraído de UPGMA

El método UPGMA considera distancias por pares para producir un árbol filogenético. Inicialmente, cada especie es un grupo, y dos de estos grupos con la distancia evolutiva más pequeña forman un par. Por lo tanto, depende de la matriz de distancia. Las expresiones de algoritmo juegan un papel importante en la interpretación de los datos de un árbol filogenético dibujado utilizando el método UPGMA.

¿Qué es vecino uniéndose al árbol??

El árbol de unión vecino es otra técnica de agrupación utilizada para producir un árbol filogenético. Naruya Saitou y Masatoshi Nei fueron los pioneros en la introducción del método. La técnica produce un árbol sin rooted, a diferencia de UPGMA. Además, la agrupación en este método no depende de distancias ultramétricas. Sin embargo, considera la variación de las tasas evolutivas al construir el árbol filogenético. Por lo tanto, hay variaciones en los árboles dibujados utilizando esta técnica. Por lo tanto, este método utiliza algoritmos matemáticos especiales para evaluar esas variaciones.

Figura 02: un árbol filogenético extraído del método de unión de vecinos

Al construir los árboles, este método considera las distancias entre cada linaje por separado. Cada linaje se une al nodo recién construido en el árbol. Todos estos nodos se unen al nodo central. Por lo tanto, cuando aparece un nuevo nodo, la distancia desde el nodo central al nuevo nodo es importante y se calcula utilizando los algoritmos. Estos datos algorítmicos deciden la colocación del nuevo nodo.

¿Cuáles son las similitudes entre UPGMA y el vecino que se une al árbol??

• Ambos métodos utilizan técnicas de agrupación al construir árboles filogenéticos.
• Además, ambos métodos requieren el uso de algoritmos matemáticos para interpretar el árbol filogenético.
• Los datos de secuencia de ADN juegan un papel importante en ambos métodos.
• Ambos métodos dan como resultado un método de agrupación ascendente.
• Además, el análisis de grandes conjuntos de datos es posible utilizando ambas técnicas.
• El análisis de datos estadísticos se puede aplicar para ambos tipos de árboles utilizando el método de arranque.
• Ambos juegan un papel importante en la clasificación e identificación de los organismos.
• Además, ambos métodos proporcionan datos sobre las relaciones evolutivas de los organismos.

¿Cuál es la diferencia entre UPGMA y el vecino que se une al árbol??

La diferencia clave entre UPGMA y un árbol de unión vecino se basa en el tipo de árbol construido. Entonces, Upgma produce un árbol enraizado mientras que el árbol de unión vecino produce un árbol sin sobremarros. Además, UPGMA es un método menos confiable, mientras que el árbol de unión vecino es un método confiable que UPGMA. Entonces, esta es otra diferencia entre Upgma y el vecino que se une al árbol.

La siguiente información Graphic resume la diferencia entre UPGMA y el vecino que se une al árbol.

Resumen -Upgma vs vecino que se une al árbol

Los métodos de árbol de unión de UPGMA y vecinos son dos técnicas que son importantes durante la construcción de un árbol filogenético. Si bien el método UPGMA no considera la tasa evolutiva, el método de unión de vecinos lo considera durante la construcción del árbol. Por lo tanto, la complejidad y la fiabilidad del árbol filogenético resultante del método del árbol NJ es alta. Sin embargo, no es tan rápido como el método UPGMA. Además, la diferencia clave entre UPGMA y un árbol de unión vecino se basa en el tipo de árbol resultante de cada técnica. UPGMA da como resultado un árbol filogenético enraizado, mientras que el método de un árbol de unión vecino da como resultado un árbol filogenético desarraigado.

Referencia:

1. Pavlopoulos, Georgios A, et al. "Una guía de referencia para el análisis y la visualización de los árboles.Biodata Mining, Biomed Central, 22 de febrero. 2010, disponible aquí.

Imagen de cortesía:

1. "CCDC138 Árbol de filogenia enraizada" por KOKXX012 en English Wikipedia (CC BY-SA 3.0) a través de Commons Wikimedia
2. "Figura 5" por PLoS One Filogenia (CC por 2.0) a través de Flickr