¿Cuál es la diferencia entre HG19 y HG38?

El diferencia clave entre HG19 y HG38 es que HG19 es un genoma de referencia humano que tiene 7 regiones con loci alternativos, mientras que HG38 es un genoma de referencia humana que tiene 207 regiones con loci alternativos.

Los genomas de referencia juegan un papel importante en el mapeo de secuencias de ADN para análisis filogenéticos y bioinformáticos. Representa un conjunto completo de genes de un organismo. En otras palabras, es una representación de la secuencia del genoma de un organismo. Existen diferentes genomas de referencia enteros que están disponibles gratuitamente para ser utilizados para el mapeo genómico. La base de datos RefSeq de NCBI es una de las fuentes comunes de este tipo de genomas de referencia. Comprende genomas de referencia de diferentes organismos, incluidos procariotas, eucariotas y virus. Hay dos tipos principales de los genomas humanos de referencia como HG19 o GRCH37 y HG38 o GrCH38. Son ensamblajes del genoma humano desarrollados por el consorcio de referencia del genoma (GRC).

CONTENIDO

1. Descripción general y diferencia de claves
2. ¿Qué es HG19? 
3. ¿Qué es HG38?
4. Similitudes -HG19 y HG38
5. HG19 vs HG38 en forma tabular
6. Resumen -HG19 vs HG38

¿Qué es HG19??

HG19, también conocido como Genome Reference Consortium Human Build 37 (Grch37), es un genoma de referencia publicado en 2009 por el consorcio de referencia del genoma. Es un genoma haploide con loci alternativos. Hay 7 regiones que representan los loci alternativos en el genoma de referencia HG19. El genoma de referencia HG19 se desarrolló secuenciando los clones terminados obtenidos del proyecto del genoma humano. Además, los productos de PCR y las secuencias de escopeta también se utilizaron para construir el genoma de referencia HG19.

La longitud de secuencia total del genoma de referencia HG19 es de 3,101,788,170 pb, y consta de 249 andamios. Además, hay 271 brechas entre los andamios. Al considerar el número de clones en las secuencias de componentes, hay 27,054 clones. El genoma de referencia comprende un número total de 24 cromosomas y plásmidos.

¿Qué es HG38??

HG38, también conocido como Genome Reference Consortium Human Build 38 (Grch38), es el genoma de referencia humana más reciente desarrollado por el Consorcio de referencia del genoma en 2017. Se agregaron varios loci al genoma, y ​​también se lanzó una actualización reciente en marzo de 2022. Hay 207 regiones que representan los loci alternativos, que están bien mejorados que la versión HG19. El genoma de referencia HG38 tiene 349 brechas en el genoma. Estas brechas se encuentran principalmente en las regiones del telómero, centrómero y entre secuencias repetitivas largas. Los productos de PCR y las secuencias de escopeta se utilizan para llenar los vacíos cuando sea necesario.

Figura 02: HG38

La longitud de secuencia total del genoma de referencia HG38 es de 3,099,734,149 pb, y consta de 473 andamios. Al considerar el número de clones en las secuencias de componentes, hay 35,614 clones. El genoma de referencia HG38 comprende un número total de 24 cromosomas y plásmidos.

¿Cuáles son las similitudes entre HG19 y HG38??

• HG19 y HG38 son secuencias de ADN.
• Ambos genomas se derivan después de la finalización del proyecto del genoma humano.
• Además, actúan como secuencias de referencia para el genoma humano.
• Ambas secuencias fueron desarrolladas por el consorcio de referencia del genoma.
• Además, consisten en brechas en el genoma de referencia.
• Tanto HG19 como HG38 tienen 24 cromosomas y plásmidos en su genoma.
• Las aplicaciones de HG19 y HG38 se observan ampliamente en los análisis bioinformáticos y filogenéticos.

¿Cuál es la diferencia entre HG19 y HG38??

El genoma de referencia HG19 tiene 7 regiones con loci alternativos, mientras que el genoma de referencia HG38 tiene 207 regiones con loci alternativos. Por lo tanto, esta es la diferencia clave entre HG19 y HG38. Mientras que el genoma de referencia HG19 se desarrolló en 2009, el genoma de referencia HG38 se desarrolló en 2017. Además, hay 271 brechas entre andamios en el genoma HG19, mientras que el genoma HG38 tiene 349 brechas.

La siguiente infografía presenta las diferencias entre HG19 y HG38 en forma tabular para la comparación de lado a lado.

Resumen -HG19 vs HG38

HG19 y HG38 son genomas de referencia humanos desarrollados por el consorcio de referencia del genoma. Son importantes en los genes de mapeo humano para completar análisis bioinformáticos y filogenéticos. El genoma de referencia HG19 tiene 7 regiones con loci alternativos. El genoma de referencia HG38 tiene 207 regiones con loci alternativos. El genoma de referencia HG19 se desarrolló en 2009, mientras que el genoma de referencia HG38 se desarrolló en 2017. El número de brechas entre andamios de cada genoma de referencia también difiere. En este sentido, HG38 tiene más brechas que muestran propiedades avanzadas. Entonces, esto resume la diferencia entre HG19 y HG38.

Referencia:

1. Caetano-Anolles, Derek. "Construcciones de referencia del genoma humano - Grch38 o HG38 - B37."Gatk.
2. Nurk, Sergey, et al. "La secuencia completa de un genoma humano.Biorxiv, Cold Spring Harbor Laboratory.
3. "Grch37 - HG19 - Genoma - Asamblea - NCBI."Centro Nacional de Información de Biotecnología, u.S. Biblioteca Nacional de Medicina.
4. "GRCH38 - HG38 - Genoma - Asamblea - NCBI."Centro Nacional de Información de Biotecnología, u.S. Biblioteca Nacional de Medicina.

Imagen de cortesía:

1. "Browser Genome Integrado 9.1.0 que muestra el cromosoma 1 del ensamblaje del genoma humano HG38 "por Aloraine - Trabajo propio (CC By -SA 4.0) a través de Commons Wikimedia